Kabupaten Lamongan memiliki potensi perikanan budidaya yang sangat besar yaitu dengan produksi perikanan budidaya sebanyak 62.754,8 ton pada tahun 2022 yang diusahakan pada lahan budidaya dengan luasan mencapai 20.487,7 Ha. Produksi budidaya perikanan terbesar disumbangkan dari sektor budidaya pada lahan sawah tambak yaitu sebanyak 54.819,1 ton pada lahan seluas 19.503,5 ha. Yang berarti lahan sawah tambak menyumbang 87,35% dari total produksi budidaya di Kabupaten Lamongan. Adapun komoditas unggulan yang dikembangakan berupa udang vannamei, ikan bandeng, dan ikan nila.
Usaha budidaya perikanan dihadapkan pada isu keamanan pangan dan usaha budidaya yang ramah lingkungan.Pola tanam yang banyak diterapkan adalah ikan - ikan - padi. Pola tanam berselang antara padi dan ikan ini rawan adanya residu (terutama pestisida) yang terkandung pada produk yang dihasilkan
Penggunaan pupuk anorganik yang berlebihan dalam usaha budidaya harus dikurangi karena dapat mengerasan tanah yang memicu penipisan mineral dan unsur hara dalam tanah, dan dapat meningkatkan keasaman (pH tanah) yang dapat memusnahkan mikroorganisme penting, seperti bakteri pengikat nitrogen, bakteri pembentuk antibiotik, dan berbagai macam jamur dan lain-lain.
Pengurangan penggunaan pupuk anorganik juga sangat perlu dilakukan karena adanya pencabutan subsidi pupuk sehingga perlu dilakukan upaya penurunan penggunaan pupuk anorganik secara bertahap. Oleh karena penerapan menajemen pengelolaan budidaya perikanan sangat diperlukan untuk menghasilan ikan yang sehat dan budidaya yang berkelanjutan.
Pengelolaan perikanan adalah semua upaya, termasuk proses yang terintegrasi dalam pengumpulan informasi, analisis, perencanaan, konsultasi, pembuatan keputusan, alokasi sumber daya ikan, dan implementasi serta penegakan hukum dari peraturan perundang-undangan di bidang perikanan, yang dilakukan oleh pemerintah atau otoritas lain yang diarahkan untuk mencapai kelangsungan produktivitas sumber daya hayati perairan dan tujuan yang telah disepakati.
Dengan bekerjasama dengan pihak Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga, Dinas Perikanan Kabupaten Lamongan memiliki inovasi yang disebut Manajemen Perikanan Sehat. Dalam inovasi ini maka proses produksi/budidaya ikan diharapkan dapat menerapkan teknologi ramah lingkungan untuk memujudkan perikanan yang sehat dan berkelanjutan sesuai arahan dan petunjuk praktis yang mudah di pahami oleh pembudidaya ikan sehingga dapat mendorong peningkatan produksi berbasis sumber daya lokal, seperti pengembangan dan pemanfaatan bakteri indigenous, ataupun pupuk organik cair yang dibuat dari bahan lokal yang mudah ditemui.